审计室在分管校领导的指导下，依据国家法律、政策和上级法规，通过对与学校资源利用相关的业务活动、内部控制和风险管理措施采取适当性、合法性和有效性的审查，并进行评价、咨询，独立行使审计监督，旨在促进学校完善治理、防范学校风险、提高资源利用效益、实现学校办学目标。
深圳大学审计室现有在职人员10人，设财务审计室、工程审计室和办公室。财务审计的业务范围主要包括财务预算执行情况和财务决算审计、财务收支审计、领导干部经济责任审计、采购审计、科研经费审计及内部控制审计，以及各种专项资金审计和国家或上级主管部门要求进行的其他审计。工程审计主要按照年度审计工作计划，对学校建设项目、改扩建、修缮、装饰类工程开展审计。